Dalam perjalanan ke Kyoto, Conan bertemu dengan laki-laki berjubah hitam yang telah membuatnya menciut . Untuk mengetahui rahasia obat penawarnya, ia memasang alat sadap di tempat duduk mereka. Ternyata ia mendengar informasi yang sangat gawat. Salah satu penumpang kereta membawa bom dalam kopor hitam yang akan meledak pada pukul 3.10. Bisakah Conan menemukan bom itu dalam waktu kurang dari 40 menit...?