Romo Franz Magnis juga dikenal sebagai cendekiawan cerdas, sehingga mendapat gelar doktor kehormatan di bidang teologi dari Universitas Luzern, Swiss tahun 2002. Selain itu juga mengajar di Universitas Parahiyangan, Bandung, Universitas Indonesia, serta di beberapa perguruan tinggi di Eropa. Hingga saat ini ia juga aktif dalam pelbagai forum antaragama dan terlibat dalam pencarian etika kehidupan bangsa abad ke-21 ini.

Beberapa tahun lalu ia dianugerahi Bintang Mahaputra Utama pada 13 Agustus 2015 (berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 83/TK/Tahun 2015 tanggal 7 Agustus 2015) oleh Pemerintah RI atas jasa-jasa dia di bidang kebudayaan dan filsafat. Ia memang sangat mencintai budaya Indonesia. Romo Magnis juga terkesan dengan budaya Jawa yang kemudian dalam aplikasinya mampu memiliki karakteristik budaya yang berbeda dengan daerah atau negara lainnya. Kalau saya boleh bilang dalam filsafat Jawa itu mereka njawani (bersikap baik kepada siapa pun), ungkapnya suatu ketika.