Setelah kejadian di Rumah Sakit Bawah Tanah, Tsutomu yang kebingungan mencari Birdy ke kapal luar angkasa . Setelah masuk ke tangki pemulihan tubuh, Tsutomu berubah menjadi tubuh Birdy, tapi rohnya masih tetap Tsutomu!! Untuk menghindari kekacauan pada ingatan mereka, Pak Megius menceritakan masa lalu Birdy. Apa yang sebenarnya terjadi pada Birdy!?