Conan berhasil kembali ke wujudnya semula, yaitu "Shinichi Kudo", selama batas waktu tertentu . Dengan demikian, ia pun bisa berangkat ke Kyoto bersama Ran dan teman-teman sekolahnya yang lain untuk acara karya wisata sekolah! Sayang, tampaknya di sana telah menanti sebuah kasus pembunuhan berantai! Kemudian terungkaplah misteri terbesar dalam serial Detective Conan ini: Identitas Pemimpin Organisasi Baju Hitam!