Bangunan menara kembar yang membanggakan tingginya, yaitu 319 dan 294 meter baru saja didirikan di kota Nishitama . Saat melihat-lihat gedung itu sebelum dibuka resmi, Conan melihat mobil yang digunakan oleh pria berjubah hitam. Dan lagi pada akhir pekan itu, dua orang yang bersangkutan dengan gedung tersebut dibunuh secara beruntun. Di sisi lain, Profesor Agasa menyadari bahwa Haibara diam-diam menelepon di tengah malam. Apakah serangkaian kasus ini adalah ulah pria berjubah hitam? Siapa yang ditelepon Haibara? Conan yang menyelidiki teka-teki ini terjebak di gedung pencakar langit tanpa ada jalan keluar, dan berada dalam kondisi terjepit!